最近，一篇复旦大学2013年的研究重新热了起来，这篇研究抽取了东亚超过7800名男性Y染色体样本测序，发现40%的汉族人都起源于6000年前新时器时代，他们Y染色体上的3个突变类型来自于当时的三个超级祖先。于是，有人就此认为该研究证实“汉族人是炎黄子孙”的说法确有其事。但事实上该研究尚有争议，即便是该研究的作者也不承认汉族人来自于黄帝的说法。
三个超级祖先来自新石器时代
2013年10月15日，复旦大学现代人类学教育部重点实验室严实和王传超在开源期刊网站arXiv文章数据库上发表了一篇文章——《40%的中国人的Y染色体来自三个新石器时代的超级祖先》。
文章称，该研究小组抽取了东亚超过7800个男性Y染色体样本测序，发现5000到6000多年前左右，在中国出现了三个超级祖先，一个在M117（Y染色体上的突变点）下；一个在M134的另一个分支，即F444下；还有一个在002611的下游F11下。
这三个超级祖先出现的年代很接近。自此这三个Y染色体突变遗传并保留至今，现在汉族人40%的男性都拥有上述三种突变中的一种。
作者严实分析，之所以三个祖先出现的时间很近，是因为当时农业发展很快，食物充足，在三个强盛部落出现人口大爆发，所以同时期出现的三种突变也得益于此，遗传病保留到现代。
为何Y染色体能跨越千万年找到我们祖先呢？
严实解释称，“Y染色体位点多，平均4代人即100年左右就能有一个突变，所以时间精度比较好。同时Y染色体不重组，突变不会搞丢也不会从母系得来，可以追溯到祖先。”
三个超级祖先是什么人？
对于三个祖先身份的问题，作者严实否认其中一个是黄帝。他表示，“汉族的起源通过我们的计算已经明确，在新石器时期晚期，炎黄都不在这个时期。另外，新石器晚期三种突变中数量最大的一支占汉族男性比例也不过16%，所以汉族人的祖先不可能都是一个叫黄帝的人。”
那么这三个祖先到底是谁呢？严实表示，只可能是当时的三个农民而已。
严实表示，“新石器时代有两个大的变革，一个是农业的大发展，谷类从采集、狩猎的辅助食物变成了食物的主体部分，人们的食物开始严重依赖农业，同时聚落的分布密度大大增加，说明人口增加。第二个是社会结构的变化，墓葬从群体葬逐渐发展出了单人葬和对偶葬，说明社会从母系社会变成了父系社会。因此，对于这三个超级祖先，有两种解释。其一，他们是最早的集约化农民，因为农业大幅发展，成了超级祖先，所以三个祖先分别为“农民甲”、“农民乙”和“农民丙”。其二，有人不相信这种解释，认为他们肯定是很伟大的部落首领，才有巨大的权力而能占有很多女人，建议把他们称作“炎帝”、“黄帝”和“蚩尤”，但这只是根据信仰命名，没有实际证据。”
所以呢，网络流传的“复旦大学证明汉族人是炎黄子孙”的说法只是误会。该研究并没有明确这个事实。
学界争议
进行该研究的机构看起来很神秘，实际上，他们就是做“曹操子孙研究”的机构。
为确定调查中那一部分人就是曹操后代，复旦大学现代人类学教育部重点实验室当时首先广泛取样Y染色体，人群包括许多姓曹、操的人，自称曹操后代的人，以及跟曹操没有任何关系的人。结果他们发现自称曹操后代的人的确共有一组同样的Y染色体突变，而该突变在普通人中并不常见。
最后复旦又找到了一块曹操叔父的骨头，证实曹操叔父Y染色体上也有同样的Y染色体突变，由此证实调查中自称曹操后代的人确为曹操后代。由此可见，要证实汉族人是炎黄的后代，至少还需要找到炎黄本人或者父系亲属的DNA才能正式。
上述是学界对复旦大学“汉族祖先研究”提出的最大争议。
另外，有学者质疑，汉族人的祖先是否来自M117、M134*及002611三个突变祖先。因为目前已经证实1.5万年前三个突变祖先已经分开，M117、M134*到了黄河中上游，002611到了河南山东，在语言上必是差异巨大，他们后来又是如何能广泛地融合在一起？
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